?

Log in

Внизапно - Добрая фея с топором

> Recent Entries
> Archive
> Friends
> Profile
> My Website

February 6th, 2016


Previous Entry Share Next Entry
09:48 pm - Внизапно
Кто-нибудь в ЖЖ (хехе) активно занимается цитометрией? Если да, какую модель цитометра вы посоветовали бы купить и от каких моделей посоветовали бы держаться подальше? Тот же вопрос для сортера. Ну мало ли. Собираю инфу разнообразными методами, в том числе и вот такими экзотическими, потому что возможно мое мнение будет не последним в принятии решения что именно нам купят.
Интересует от 9 цветов цитометр, на 3 лазера наверное разумно
Сортер в идеале чтоб тоже хотя бы на 4 цвета.
Главное это безглючность и устойчивость работы, потому что вот эти два пункта похоже что активно хромают у многих навороченных и не очень машин.
Если ваш френд точно занимается цитометрией, а вам не лень, спросите у него/нее мнения?
Взамен могу рассказать что за зверь такой CytoFLEX ;)

(38 comments | Leave a comment)

Comments:


[User Picture]
From:plymph
Date:February 7th, 2016 04:32 am (UTC)
(Link)

Заелся кое-кто) мне второй год на ремонт амплификатора денег не дают))

[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 05:05 am (UTC)
(Link)
Все норм. :) У нас 2 сосиски и 16 вилок :))
Амплификатор мы чинили как раз вот в Новый Год. Я узнала что можно на ебей купить или такой же бушный на запчасти, или прямо запчасть, и за деньги, от которых никто не плачет. В отличие от официальной починки
[User Picture]
From:plymph
Date:February 8th, 2016 08:13 am (UTC)
(Link)
подозреваю, что и наш можно починить таким же образом, просто денег, не вызывающих слезы, тоже нет))
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 8th, 2016 02:08 pm (UTC)
(Link)
Камон, я в России для своего диссера антитела на свои же деньги покупала. Плакала и обижалась, но покупала же, потому что диссер было иначе не закончить. Это я намекаю на то, что наверное у соседей таки есть рабочий амплификатор? ;)
Если же у вас совсем жопа, скажи что отложить для вас из рабочего но очень-очень старого вместо выкидывания? (мы недавно выкинули три амплификатора 1980-х годов, все три работали, но прастити). Микроскоп вот недавно соседи выкинули. Я три раза мимо прошла, на четвертый отвинтила ему объективы, потому что невозможно жалко же! Только вот сколько пересылка стоить будет? Хм
[User Picture]
From:plymph
Date:February 8th, 2016 03:50 pm (UTC)
(Link)
ну ты плюшкин известный)
да мы не в курсе что там полетело.
производитель запросил 145 тысяч за ремонт и диагностику
не в силу специфики это был единственный на весь институт)
нас пускают коллабораторы на свой прибор, так что пока не смертельно.
плюс щас обещают бабла дать, так что скорее всего купим

Edited at 2016-02-08 04:05 pm (UTC)
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:28 am (UTC)
(Link)
Мы сами смотрим на цитофлекс в смысле дешевый и сердитый, а на сортер у нас подвис грант на 700K Астриос, это вам наверное перебор :) Очень надеемся получить.
Но у нас денег ноль, поэтому только смотрим. И как вам цитофлекс?
Аттюн соседи купили и матерятся.
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:33 am (UTC)
(Link)
Да, а в смысле безглючности и устойчивости я который год любуюсь Cytekовскими зомбями, в смысле выпотрошенными Facscalibur'ами с цифровой начинкой и 3-4 лазерами. Они очень приличные по деньгам и система там неубойная, эта флюидика переживет нас всех (моему Калибуру ~20 лет, и ничо). Единственный минус - они не очень быстрые по скорости засоса по сравнению с новыми машинками, но если вам не нужно платить почасовую оплату и есть руки, это не так принципиально.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 03:04 pm (UTC)
(Link)
Да, а в смысле безглючности и устойчивости я который год любуюсь Cytekовскими зомбями - с этого места поподробней пожалуйста. На что мне тыкнуть, какую модель взять за основу вдумчивого гугления? :) Скорость вообще не вопрос. А вот устойчивость это вопрос. Например я часто гоняю липкие клетки (смешно по русски звучит). Переваренные опухоли :) И наш Dako Cyan ими каждый раз давился и приходилось его мыть. Более того, фильтровать образцы не особо помогало, через 10 минут они снова слипаются.
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:54 pm (UTC)
(Link)
Про липкое - см ниже.
Сайтеки купили кусок патента у BD, теперь они берут корпуса от старых Калибуров, меняют весь пластик/флюидику на новенькие (но по патенту BD), ставят новые современные лазеры (какие хочешь), новые PMT (довольно качественные) - у них свой патент на оптический дизайн - и тогда продают. Все цифровое, аналоговые платы они все выкидывают. Фильтры можно переставлять юзером, лазеры добавлять техподдержкой. Там несколько моделей, отличаются только количеством каналов и лазеров, от 8/3 до 12 (или 14?)/4 - все решают деньги. Самый простой 8/3 можно получить за 60K. Софт у них - адаптированный FlowJo Collector Edition, мне показался очень вменяемым (но у меня эта штука была всего сутки). Они тебе с удовольствием его привезут погонять, у них гнездо где-то рядом с NIH. Сейчас скину тебе контакты их регионального директора (Рэй Ланниган) в почту, он в Вирджинии.
У них отличная техподдержка - я знаю, потому что они обслуживают и third-party инструменты (BD) и во многих местах их любят больше, чем родных инженеров из BD. У нас лично очень удачные родные инженеры, но я знаю людей, которым не так повезло.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 03:21 pm (UTC)
(Link)
Цитофлекс плюсы:
- пока не поперхнулся ни разу моими клетками (см мой коммент ниже, гнала опухоли с очень большими кусками мусора и тканей, и даже фильтровать не стала. Он меня удивил
- более-менее приличная автокомпенсация. Напильником дорабатывать совсем чуть-чуть после нее
- новые фичи с автофлюоресценцией, с учетом компенсации по "вольтажу" (которого там в реальности нет в классич понимании). Работают! Полируешь компенсацию на 8 цветов, больше я пока не пробовала, изменяешь таки "вольтаж" gain на одном из каналов, но компенсация остается корректной. Приятно удивлена
- можно заменить загрузку с пробирок на plate и обратно в течение 5 минут самой. Несложно, но слегка через жопу
- можно делать цитометрию аж в эпендорфах. Правда, не пробовала
- засасывание образцов не нуждается в вакууме, поэтому прямо не вынимая пробирки из машины, в нее можно добавлять любую фигню и снимать цитометрию в реальном времени. Вау!
- мимими контейнеры для жидкостей. Теперь доступны для глубокобеременных операторов (ну я недавно мучалась, так что помню)
- фильтры меняются в течение 10 минут, если очень хочется и знаешь как. Правда, не пробовала пока.
- когда научишься затыкать излишнюю активность искусственного интеллекта, становится даже и удобно
- софтина очень, очень дружественная и понятная

Минусы:
- софт свежий, есть грубые недоработки, которые будут закрывать (я надеюсь) в след апдейтах. Например, в статистике невозможно вывести mean, median флюоресценции, или я трамвай, но не нашла вообще. Когда ты выставишь вольтаж по всем каналам, компенсацию и гейты, будешь счастлива и закончишь с одним образцом и вставишь второй, то готовься взвыть. Искуств разум машины выкинет все твои настройки и будет все настраивать заново. Причем будет цинично всасывать образец, сам же его останавливать и выкидывать эвенты и перенастраивать заново, не спрашивая тебя. Когда я не знала как это остановить, я крутила все назад и орала, а машина крутила все по своему и смеялась. Так я потеряла 2/3 данных из эксперимента с микроскопическим количеством клеток. Да, уточню - если ты гонишь клетки, которых мало с бидзами, которых много, то иск. интеллект решит что ты изучаешь бидзы, и будет строить вольтаж и все настройки под них, ведь их больше и они симпатичней. С этим можно бороться, на вторую неделю я нашла как. Но эта опция не зашита в виде "Я сказала - вот этот вольтаж и гейты, и не меняй их больше сам ваще!!", и ее надо тыкать вручную с каждым образцом (нет, сцука, мой дефолт!).
- к предыдущему еще. Пока не нашла, можно ли индивидуализировать,извините, настройки софта. Например юзер Вася никогда не опускает за собой сиденье унитаза! хочет сохранять всего 2 тыс эвентов. После Васи Таня всегда будет лазать в настройки и снимать его галочки и циферки, а хотела бы Таня загружать настройки Тани и не париться больше где и что Вася наковырял опять. Там есть опция гнать эксперимент из темплейта, но это не совсем то что надо. Надеюсь нарисуют в новых версияъ что надо
------------
В целом неплохо, но нужен подход и терпение

Edited at 2016-02-07 03:26 pm (UTC)
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:42 pm (UTC)
(Link)
Вообще это довольно оптимистично звучит, Бекманы настроены цитофлекс пихать всюду, я думаю, софт они допилят. Они же купили цитофлекс как есть у каких-то гениальных китайцев, которые сперва пытались выйти на рынок сами, но ниасилили. Так что софт еще с тех времен, китайских, и предсказуемо дружественен. У вас вменяемый представитель Бекманов? если нет, я могу у нашего (Кен Грей) спросить, что там на горизонте с новым софтом.

Мне кажется, что самое узкое место в твоей задаче - это капризные клетки, так что имеет смысл подбирать машинку под клетки.

Аттюн соседи покупали под клеточные линии, и он ими давился каждый день. С пробирок меньше, с плашек - все время, но им надо было именно плашки, и они выли. Они хотели быструю машинку, а Аттюн - очень быстрый; но минусы вот эти вылезли тут же, плюс у LT какой-то зверски дорогой контракт и торговаться они не хотели.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 06:18 pm (UTC)
(Link)
Цитофлекс на мой взгляд в течение трех недель неплох, а история про гениальных китайцев многое объясняет. :) Представитель BD у нас очень дружелюбный парень, но он по машинам, а с софтом и цитометрией (!)он вообще никак. Я планировала потыкаться, и если не победю машинку сама, то звонить в кампанию и требовать консультации со спецом по софту. Пока что я кажется победила, но спасибо за наводку, учту если что.
Про аттюн записала, скажу.
Ситуация осложняется тем, что я не могу об этом что в посте сама напрямую спросить в cytometry@lists.purdue.edu по политическим причинам (вот как!). То есть в рассылке кто-то сидит, кому не надо знать, что я собираю мнения, а то будет обида смертельная и фсетакое. Потыкала старые беседы, но там совсем недружественный поиск. :(( Иэзхх.
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 06:27 pm (UTC)
(Link)
BD это бектон дикинсон, а цитофлекс делают BC, бекман колтер :)
Ищи по цитометрическому архиву через гугл, родной их поиск вообще полумертв, по-моему (то есть в гугл вбиваешь "ОБЪЕКТ ПОИСКА site:https://lists.purdue.edu/pipermail/cytometry/ ").

Я спрошу щас нашего Кена, он толковый мужик.

Я видела этох китайцев, когда они в первый раз свой цитофлекс привезли на CYTO. Они по-английски почти не говорили, но машинка была настолько неприлично хороша, что было ясно, что щас их кто-нибудь перекупит.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 06:38 pm (UTC)
(Link)
О, вот так я не искала еще! Щас узнаю все про всех, хехе. :)
Насчет цитофлекса это круто, считай у истоков была!
А BD и BC я путаю не первый раз, компании обижаются!
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 03:34 pm (UTC)
(Link)
А скажи, что не так им с Attune? если будут склоняться его покупать, чтоб я могла передать. Я погуглю еще.
[User Picture]
From:pascendi
Date:February 7th, 2016 06:01 am (UTC)
(Link)
aridmoors спросите, она Ваша коллега.

Edited at 2016-02-07 06:03 am (UTC)
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 02:58 pm (UTC)
(Link)
Пошла смотреть. :) Спасибо!
[User Picture]
From:entropia_n
Date:February 7th, 2016 07:56 am (UTC)
(Link)

Тань, я спрошу подругу и коллегу, она неплохо разбирается,  работала на многих моделях и знакома с хорошими цитометристами из иэм-а и первого меда. Вечером в личку напишу, ок? Она мне раз целую лекцию по моделям прочитала, да я все позабыла!

[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 02:57 pm (UTC)
(Link)
Ой, спасибо!
[User Picture]
From:entropia_n
Date:February 8th, 2016 10:33 am (UTC)
(Link)
Тут уже специалисты и так насоветовпли, но я все же написала в личку, так, для сбора мнений ;)
[User Picture]
From:maxyki
Date:February 7th, 2016 09:24 am (UTC)
(Link)
Заголовок прочитал как ВНИИ ЗАПНО
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 02:57 pm (UTC)
(Link)
Как расшифровал вторую часть? :)
[User Picture]
From:maxyki
Date:February 7th, 2016 04:42 pm (UTC)
(Link)
ВНИИ заряженных анионно-последовательных нано-оболочек
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 05:19 pm (UTC)
(Link)
Хех. Ну для гуманитария звучит! :)
[User Picture]
From:mexiy
Date:February 7th, 2016 11:19 am (UTC)
(Link)
Пиши чаще :) тогда тут и людей будет больше - будет у кого спросить :)
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 02:57 pm (UTC)
(Link)
Да если бы.. :(
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 05:16 pm (UTC)
(Link)
Так, BD FACSAria III - получен позитивный отзыв
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:23 pm (UTC)
(Link)
Это удобный сортер для плохого/неопытного оператора. Но липкое на нем гонять - ни-ког-да. И без контракта даже не думайте.

У нас именно он, я со своими PBMC на нем офигенно себя чувствую, но я не одна :) потому-то мы Астриос и пытаемся получить.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 05:26 pm (UTC)
(Link)
Вот! А ты молчала! :)
Спасибо. :)
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:28 pm (UTC)
(Link)
Я еще не успела развернуться с ответами, щас все будет.
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 05:56 pm (UTC)
(Link)
А какой у вас бюджет на сортер и на цитометр?
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 7th, 2016 06:08 pm (UTC)
(Link)
Мне сказали - Татьяна, пиши свои мечты. Три вида а) вообще идеал б) круто в) нужный минимум
Я говорю - так сортер или цитометр или оба и чего с баблом? Мне говорят в а) оба, на в) минимум, цитометр только. Торговаться будут с несколькими отделами, я так понимаю, чтоб на всех раскидать, а если не выйдет и не сторгуются, то только цитометр. Я думаю реальность это устойчивый, но не особо навороченный сортер если он потянет 9+ цветов. Или сортер на 1 лазер и 4 цвета, но цитометр.. ну цитофлекс тогда, что уж. :) И вот я еще думаю, что крутой сортер это хуже чем так себе сортер и отдельно цитометр, так как на крутой сортер будет очередь и тогда я буду все время в жопе, в ситуации хуже чем сейчас
Навороты типа сортинг для клиники с оператором в космическом костюме не нужны, в нашей лабе самый требовательный юзер это я.
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 7th, 2016 06:48 pm (UTC)
(Link)
Ну смотри - сортер это намного капризнее штука, чем цитометр. Сортер на многоюзеров - это вечный disaster. Маленькие 1/4 сортеры хороши под простые задачки, ну там трансфецированные клеточки отсортировать, репортеры, все такое. У нас есть еще старый аналоговый сортер 3/5 (многолазеров, малоканалов), и по сути на нем никакие нормально фенотипированные эксперименты не погоняешь, цветов не хватает. Он загружен трансфекциями, мышьими репортерами и side population sorts.
Второй наш сортер - Ария 3 - 16-цветка, я на нем все свои огромные панели гоняю. Арии - это идеальные сортеры для лаб, где нет квалифицированного техника-оператора, и каждый сам за себя ломает девайс в одиночку. Там относительно простое управление и настройки. Но Ария как сортер - довольно небережная машина: или ты гонишь на ней клетки медленно и печально часами, или быстро, но они у тебя наполовину летят в мусор, а остальные дохнут довольно ощутимо. Нежные клетки (у нас, например, это разные эмбриональные мышьи штуки) Арию не любят. И ценник у Арии конский.

Я рынок маленьких сортеров знаю не очень хорошо, потому что мы сразу хотим огромный, чтобы заменить наш старый аналоговый, и я смотрела только такие. У BD не берите Джазз, это машинка для нёрдов, которые хотят лазеры вручную крутить. Инфлюкс ничего так, но это (полу)официально мертвый проект, его не развивают и не будут. Там есть несколько проблем с дизайном и уродский софт, и это навсегда. Ария - это лучшее, что можно купить у БД.

Сониевские сортеры внезапно хвалят очень, но я не трогала их руками. Сониевские анализаторы - это какая-то черная магия, я в нее не верю (проприетарный алгоритм, на входе клетки - на выходе скомпенсированный эксперимент, и ты не знаешь, что было в середине, raw файлов нет), когда дело касается не простого фенотипирования с бимодальным распределением всех маркеров. В сониевских сортерах алгоритмы обычные, как у всех.

Бекман-колтеровские сортеры - сложные штуки, если нет бюджета на техника-лаборанта, то даже не суйтесь, там learning curve на годы.

Посмотри сортеры BioRad S3, они на Cyto смотрелись неплохо и userfriendly, и там есть младшие модели.

А в мелких анализаторах я бы сама выбирала между цитофлексом, аттюном и сайтеком, и для core facility брала бы скорее сайтек за неубиваемость, а для полуличного пользования - цитофлекс, он интереснее и в нем много новых идей. На вторичном рынке старый LSRII будет по цене следущим за цитофлексом, но у них дурные плашкочиталки и это не лечится, забиваются чуть ли чем угодно, что не фиксированная кровь :( и старые низковаттные лазеры, и места занимает эта дура огого сколько. В общем, не стоит связываться ИМХО.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 15th, 2016 03:39 am (UTC)
(Link)
Спасибо, очень полезно! Сделала файл с краткими да-нет-почему на штук 20 моделей сортеров и анализаторов. Надеюсь услышу новости о том, что решили до того как купят уже что-то одно :)
[User Picture]
From:sciuro
Date:February 15th, 2016 04:00 am (UTC)
(Link)
О, а поделись, а :)
[User Picture]
From:mss_mila
Date:February 9th, 2016 04:03 am (UTC)
(Link)
Partec (кажется он сейчас Сисмекс) нет !!!!! Но его и берут обычно по бедности. Он дешевый очень, по сравнению, при том же заявленном функционале.
[User Picture]
From:tanchik
Date:February 9th, 2016 07:39 am (UTC)
(Link)
Спасибо! Пошла гуглить, нашла вот это
http://www.biocompare.com/Product-Reviews/180932-Nightmare-experience-with-Partec-Cube-6-flowcytometer/
и теперь даже нет смысла спрашивать "почему нет?" :)
[User Picture]
From:plymph
Date:April 18th, 2016 08:16 pm (UTC)
(Link)
Взамен могу рассказать что за зверь такой CytoFLEX ;)
теперь я и сам знаю)

> Go to Top
LiveJournal.com